Progress¶

最后更新：2026-05-03

当前状态¶

当前 wave：Wave 2
当前组学/概念组：03-bulk-RNAseq
已完成：章首结构、文献候选清单、CNS / 高影响默认三篇选择、板块 A 第 1 篇、板块 E 三篇文献深读初稿
当前组 quiz：待生成
下一步：继续板块 A 第二篇 [[03-bulk-RNAseq/5-prime-capping-and-meaning]]；后续可继续扩写其他组学的 _papers/ 深读

完成记录¶

2026-05-03：完成 _concepts 前 5 篇：
[[_concepts/poisson-vs-negative-binomial]]
[[_concepts/glm-unified-view]]
[[_concepts/mixed-models-everywhere]]
[[_concepts/pca-svd-the-same-thing]]
[[_concepts/umap-tsne-what-they-preserve]]
2026-05-03：完成 _concepts 后 5 篇、MOC 和 quiz：
[[_concepts/batch-effects-causes-and-cures]]
[[_concepts/multiple-testing-frameworks]]
[[_concepts/compositional-data-trap]]
[[_concepts/zero-inflation-vs-true-zero]]
[[_concepts/bayesian-vs-frequentist-omics]]
[[_concepts/00-MOC]]
[[_concepts/_quiz/2026-05-W1]]
2026-05-03：加入 v1.1 章节深度扩展规范，并启动 03-bulk-RNAseq：
[[_meta/chapter-depth-expansion]]
[[03-bulk-RNAseq/00-chapter]]
[[03-bulk-RNAseq/_papers/00-candidates]]
2026-05-03：完成 03-bulk-RNAseq 板块 A 第 1 篇：
[[03-bulk-RNAseq/transcription-pol2-mechanics]]
2026-05-03：Peter 授权 Codex 选择 CNS / 高影响文献后，更新全部网页组学章节的案例深读，并为 03-bulk-RNAseq 标记默认三篇：
Mortazavi et al. 2008, Nature Methods
Pickrell et al. 2010, Nature
Love et al. 2014, Genome Biology
2026-05-03：按 Peter 反馈，为全部网页组学章节的 CNS / 高影响案例深读补充科研逻辑图、实际科研解读和结论支撑边界。
2026-05-03：完成 03-bulk-RNAseq 板块 E 三篇文献深读初稿：
[[03-bulk-RNAseq/_papers/mortazavi-2008-nature-methods-rnaseq]]
[[03-bulk-RNAseq/_papers/pickrell-2010-nature-expression-variation]]
[[03-bulk-RNAseq/_papers/love-2014-genome-biology-deseq2]]
2026-05-03：继续完成 Part 2 其余四章的 8 篇文献深读初稿：
[[04-scRNAseq/_papers/macosko-2015-cell-dropseq]]
[[04-scRNAseq/_papers/tabula-muris-2018-nature-cell-atlas]]
[[06-spatial/_papers/stahl-2016-science-spatial-transcriptomics]]
[[06-spatial/_papers/moffitt-2018-science-merfish-hypothalamus]]
[[08-ATAC/_papers/buenrostro-2013-nature-methods-atacseq]]
[[08-ATAC/_papers/corces-2018-science-cancer-atac]]
[[09-methylation/_papers/lister-2008-cell-arabidopsis-methylome]]
[[09-methylation/_papers/lister-2009-nature-human-methylome]]
2026-05-03：补强主章节中的生物学解释层，新增 RNA 生命周期、单细胞类型/状态/命运、空间 niche、染色质调控潜能、甲基化维护与 RdDM、免疫组库选择历史、微生物生态装配、复杂性状遗传架构、蛋白活性与代谢通量等内容。
2026-05-04：开始替换“纯文字逻辑图”风格，为核心章节加入真实图源：RNA 加工、scRNA-seq workflow、空间转录组、核小体结构、DNA 甲基化、V(D)J 重排、根际、GWAS Manhattan plot、LC-MS/MS，并在写作约定中加入开放许可图源规范。
2026-05-04：为已完成的 CNS / 高影响案例深读增加真实 Figure 层。开放许可图直接嵌入，版权不确定的 Cell / Nature / Science / Nature Methods 图使用官方 Figure 链接与读图要点，避免未经许可复制论文图片。
2026-05-04：按 Peter 新要求更新写作规范，并为 Part 2-5 的主组学章节加入“本章学习导向”块，固定回答每门组学解决什么问题、一般分析思路、为什么这样分析和核心生物学主线。
2026-05-04：继续按“无基础也能读”方向，为 Part 2-5 主组学章节加入“零基础生物学底座”块，解释 RNA、细胞类型、组织空间、染色质、甲基化、免疫受体、微生物生态、遗传变异、eQTL、蛋白/代谢物和多组学机制链。

Wave 完成情况¶

Wave 1：完成
Wave 2：已启动 03-bulk-RNAseq 五大板块结构，板块 A 完成 1/10