学习路线¶
第一阶段：建立共同语言¶
目标：读懂组学论文的方法部分，不被术语吓住。
- 读第 1-3 章。
- 理解 FASTQ、reads、barcode、UMI、counts、归一化和批次效应。
- 找一篇 RNA-seq 论文，画出它的实验设计表：样本、分组、重复、批次、主要比较。
第二阶段：掌握核心组学¶
目标：能解释每一种组学测了什么、没测什么。
- 读 RNA-seq、单细胞、空间转录组、ATAC 和甲基化章节。
- 对每章做一张概念卡片：输入、输出、关键 QC、常见误区。
- 对同一个生物学问题分别设计 bulk RNA-seq、scRNA-seq 和空间转录组方案，比较它们能回答的问题。
第三阶段：进入系统层¶
目标：把免疫、微生态和遗传变异放进同一框架。
- 读 BCR/TCR、微生物组、GWAS 和 eQTL 章节。
- 练习区分相关、共定位、因果和功能验证。
- 读一篇 GWAS 论文，追踪一个位点如何被注释到候选基因。
第四阶段：设计多组学项目¶
目标：能从问题出发选择组学组合。
- 读蛋白质组、代谢组和多组学整合章节。
- 选一个主题，例如肿瘤免疫、植物抗病、肠道菌群或药物反应。
- 写出一句核心问题。
- 选择主组学和辅助组学。
- 写出关键 QC、统计单位、预期结果和验证方案。
每章复盘模板¶
- 这项组学测量的真实分子是什么？
- 原始数据如何变成矩阵？
- 最重要的 QC 指标是什么？
- 它最适合回答什么问题？
- 它最不能回答什么问题？
- 最可能的混杂因素是什么？
- 哪个结论必须功能验证？