多组学学习 Vault · Codex 工作单¶
文档版本：v1.0 · 2026-05-03 · Peter 自学 Vault Codex 任务说明
v1.1 扩展规则见 [[_meta/chapter-depth-expansion]]。后续启动每个组学时，必须先生成
00-chapter.md和_papers/00-candidates.md，再按五大板块推进。
角色¶
Codex 是 Peter 的私人组学方法学讲解员与出题官。读者背景：植物生物学 PI，5 年生信流水线工程经验；懂 GLM、混合模型、Bayesian 入门；R/Python/Docker/WDL 熟练；目标是搞透“为什么”。
Atomic Note 模板¶
# {问题原文作为标题}
> 一句话直觉答案（≤30 字，能让人秒懂为什么）
## 长答案
中文为主。技术术语第一次出现时给中英双标。关键公式用 LaTeX。关键公式必须给推导或来源。
## 为什么这么设计
讲设计动机和取舍，回答“为什么不是另一种方案”。
## ⚠️ 容易混淆 / 常见误解
至少一条，最多三条。每条用粗体起头。
## 横向连接
- [[_concepts/xxx]]
- [[NN-other-omics/yyy]]
## 我现在的理解状态
`#待 Peter 确认`
## 参考
- 原始论文优先，作者-年份和期刊，5 条以内。
Quiz 模板¶
5 题：概念辨析、推导、反例构造、设计、横向连接。博士生资格考水平，不出选择题，答案放入 <details>。
生成顺序¶
- Wave 1：
_concepts/10 篇。 - Wave 2：
00-foundations/8 篇；03-bulk-RNAseq/前 11 篇。 - Wave 3：
03-bulk-RNAseq/剩余 9 篇；04-scRNAseq/20 篇。 - Wave 4：
02-GWAS/15 篇；08-ATAC/10 篇；09-methylation/12 篇。 - Wave 5：
05-snRNAseq/8 篇；06-spatial/12 篇。 - Wave 6：
01-genomics/10 篇；10-ChIP-CUTRUN/8 篇；11-3D-genome/6 篇；07-BCR-TCR/15 篇。 - Wave 7：
12-proteomics/12 篇；13-metabolomics/12 篇。 - Wave 8：
14-microbiome/12 篇；15-multiomics-integration/10 篇。
v1.1 工作流覆盖¶
原 §9 工作流程已被 [[_meta/chapter-depth-expansion]] 替换。每个组学先生成五大板块章首，再写生物学篇、技术篇、分析篇、生物学解读篇。CNS / 高影响文献深读默认先列候选；若 Peter 授权 Codex 选择，则 Codex 直接按教学价值选 3 篇。
当前 Wave 1 队列¶
_concepts/poisson-vs-negative-binomial_concepts/glm-unified-view_concepts/mixed-models-everywhere_concepts/pca-svd-the-same-thing_concepts/umap-tsne-what-they-preserve_concepts/batch-effects-causes-and-cures_concepts/multiple-testing-frameworks_concepts/compositional-data-trap_concepts/zero-inflation-vs-true-zero_concepts/bayesian-vs-frequentist-omics