工具与数据资源
本页列出常见工具和资源，目的是帮助学习时建立工具地图。具体项目应根据数据类型、平台和实验设计选择流程。
通用测序 QC
| 类型 |
工具/资源 |
| FASTQ 质量 |
FastQC, MultiQC |
| 比对 |
STAR, HISAT2, BWA, Bowtie2 |
| 定量 |
featureCounts, Salmon, kallisto |
| 工作流 |
Snakemake, Nextflow, nf-core |
RNA-seq
| 任务 |
常见工具 |
| 差异表达 |
DESeq2, edgeR, limma-voom |
| 通路富集 |
clusterProfiler, fgsea, GSEA |
| 剪接分析 |
rMATS, MAJIQ |
单细胞与空间
| 任务 |
常见工具 |
| 单细胞预处理 |
Cell Ranger, STARsolo, kallisto bustools |
| 单细胞分析 |
Seurat, Scanpy, scvi-tools |
| doublet 检测 |
DoubletFinder, Scrublet |
| 细胞通讯 |
CellChat, NicheNet, LIANA |
| 空间分析 |
Space Ranger, Seurat, Squidpy, Giotto |
ATAC 与甲基化
| 任务 |
常见工具 |
| ATAC peak calling |
MACS2, Genrich |
| motif 分析 |
HOMER, MEME suite, chromVAR |
| 单细胞 ATAC |
ArchR, Signac, SnapATAC |
| 甲基化比对 |
Bismark, bwa-meth |
| 甲基化芯片 |
minfi, ChAMP |
免疫组库与微生物组
| 任务 |
常见工具 |
| TCR/BCR 组库 |
MiXCR, TRUST4, IgBlast, scRepertoire |
| 16S/ITS |
QIIME 2, DADA2, mothur |
| shotgun 物种注释 |
Kraken2, MetaPhlAn |
| shotgun 功能注释 |
HUMAnN, eggNOG-mapper |
GWAS 与 QTL
| 任务 |
常见工具 |
| 基因型 QC |
PLINK |
| 群体结构 |
PLINK, EIGENSOFT |
| 关联分析 |
SAIGE, BOLT-LMM, REGENIE, GEMMA |
| 精细定位 |
SuSiE, FINEMAP |
| 共定位 |
coloc, eCAVIAR |
| TWAS |
FUSION, S-PrediXcan |
公共数据资源
| 类型 |
资源 |
| 测序数据 |
NCBI GEO, SRA, ENA |
| 单细胞图谱 |
Human Cell Atlas, cellxgene |
| 表达与 QTL |
GTEx |
| 基因组功能注释 |
ENCODE, Roadmap Epigenomics |
| GWAS |
GWAS Catalog, UK Biobank |
| 微生物组 |
Human Microbiome Project, MGnify |
| 蛋白质 |
UniProt, PRIDE |
| 代谢物 |
HMDB, KEGG, MetaboLights |