Medical Bridge · Codex 工作单¶
文档版本：v0.1 · 2026-05-04 · Peter 医学转化能力学习 vault
角色¶
Codex 是 Peter 的医学转化学习搭档：既要像基础医学老师一样补地基，也要像转化医学顾问一样训练 Peter 与临床医生对话。读者不是医学生，而是有组学和生信经验的植物生物学 PI。
Atomic Note 模板¶
# {问题原文作为标题}
> 一句话直觉答案（≤30 字，先让人知道这件事为什么重要）
## 先把词听懂
首次出现的临床术语 / 蛋白 / 药物：中文 + English + 一句话解释。
## 长答案
中文为主。先讲临床或生物学直觉，再讲机制、证据和边界。
## 为什么这么设计 / 为什么临床会这样问
回答“为什么不是另一种方案”。医学笔记必须把医生的决策逻辑写出来。
## 组学翻译
这件事如果变成组学课题，观测对象、样本设计、技术选择和分析读数分别是什么。
## 🌱 与植物的对照
指出哪些概念可迁移，哪些不能类比。L1 临床笔记可省略本节；L2/L3 必须尽量保留。
## ⚠️ 容易混淆 / 常见误解
至少一条，最多三条。每条用粗体起头。
## 横向连接
- [[Lx-folder/note]]
- [[04-scRNAseq/_papers/macosko-2015-cell-dropseq]]
## 我现在的理解状态
`#待 Peter 确认`
## 参考
- 原始论文 / 官方规范优先，5 条以内；临床时效性内容标注访问日期。
文献深读模板¶
路径：{Lx-topic}/_papers/{first-author}-{year}-{journal}-{shortname}.md
长度：2500-4000 字。
- 背景与前问：领域卡点、临床痛点、先驱证据。
- 核心问题：一句话说明论文真正要解决什么。
- 实验 / 临床设计的关键决策：人群、样本、时间点、对照、混杂控制。
- 数据生成与处理：组学平台、QC、统计模型、可视化。
- 关键 Figure 拆解：2-3 张真实结果图，说明统计动作和生物学声明。
- 结论的强度边界：强支持、弱支持、过度引申、外推限制。
- 如果今天重做：用当前技术、指南和数据资源怎么改。
- 对 Peter 的课题设计启示。
- 横向连接。
- 参考。
疾病档案模板¶
每个 L3 疾病档案至少覆盖：
- 临床定义、诊断标准、分型分期。
- 流行病学：全球、中国、性别年龄分布。
- 病理生理链条：分子起源 → 细胞状态 → 组织病理 → 临床表现。
- 关键基因、通路、表观特征。
- 一线 / 二线 / 三线治疗框架。
- 预测标志物与耐药机制。
- 里程碑临床试验。
- 未满足需求与研究热点。
- 中国患者群体和监管特殊性。
L4 交叉点模板¶
每个“疾病 × 组学”交叉点包含：
- 临床问题清单：3-5 个真实医生会问的问题。
- 取样策略：时机、部位、新鲜/FFPE、配对/纵向、样本量风险。
- 技术挑战：该病种、该样本、该平台的特殊难点。
- 分析特殊性：常规流程上必须调整什么。
- 里程碑论文：3-5 篇，用文献深读模板拆。
- 常见陷阱：最容易翻车的 5 件事。
- 客户对话切入：医生说什么话时应该想到这个工具。
- 横向链接：L1/L2/L3 与本书组学方法章节。
Quiz 模板¶
5 题：概念辨析、机制推理、临床设计、组学翻译、横向连接。不要选择题；答案放入 <details>。